تعد أمراض الجهاز الهضمي تلك التي تتعلق بعملية الهضم ويتحدد أجزاءها في كل من الأمعاء والمعدة والفم والمرئ والمستقيم والمرارة والكبد والبنكرياس وفتحة الشرج كملحقات للجهاز الهضمي، فنذكر من أمراض الجهاز الهضمي ارتجاع المعدي المريئي، التهاب الكبد الفيروسي، حصى المرارة، كذلك متلازمة القولون المتهيج، عسر الهضم، التهاب القولون التقرحي، البواسير، وغيرها.